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菊粉的分子式可以表示为GFn，其中G代表终端葡萄糖单位，F代表果糖分子，n代表果糖的单位数。但请注意，这只是一个表示菊粉结构复杂性的简化方式。
菊粉分子约由31个β-D-呋喃果糖和1~2个吡喃菊糖残基聚合而成，果糖残基之间能通过β-2,1-键连接。是由D-果糖经β(1→2)糖苷键链接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖残基。
菊粉是一种由D-果糖经β(1→2)糖苷键链接而成的线性直链多糖，末端常带有一个葡萄糖残基，聚合度（DP）为2~60。其中，平均聚合度DP≤9的菊粉又称为短链菊粉。
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